Gedmo Softdeletable hilft dabei, Datensätze nicht komplett aus der Datenbank zu löschen, sondern ein deletedAt zu setzen. Prinzipiell eine gute Sache, allerdings brauchte ich für eine bestimmte Spalte die Möglichkeit, die Funktionalität kurzzeitig auszuhebeln und die Datensätze tatsächlich aus der Datenbank zu löschen. Offenbar gibt es hier einen Trick, und zwar das deletedAt Feld direkt zu setzen mit new \DateTime:
$em->setDeletedAt(new \DateTime());
$em->remove($item);
$em->flush();
Diesen Trick habe ich im Beitrag von Keksa ganz unten gefunden.